Es gibt häufigere und weniger häufig befallene Zelltypen, dementsprechend ändern sich Therapie und Prognose der Erkrankung. Bei den meisten Patienten sind vorwiegend die Zellen, die den Jodstoffwechsel des Körpers steuern, betroffen (differenziertes Karzinom).
Aber auch Schilddrüsenzellen, die den Calciumhaushalt regeln, können an Krebs erkranken (C-Zell-Karzinom).