Je nach Steinart finden sich unterschiedliche Entstehungsursachen. Häufig sind erhöhte Kalziumspiegel, sowie eine Erhöhung der Harnsäurekonzentration im Blut Auslöser für die Harnsteinbildung.
Begünstigende Faktoren sind Harnabflussbehinderung (zum Beispiel durch eine vergrößerte Prostata), Entzündungen der Harnwege, sowie eine eiweißreiche Ernährung. Auch eine verminderte Flüssigkeitsaufnahme kann wesentlich zur Entstehung von Harnsteinen beitragen.