Die Erkrankung führt zu einer Entzündung, die sich auf alle Schichten der Darmwand ausdehnen kann. In der Regel liegen zwischen den entzündeten Bereichen völlig unveränderte Darmabschnitten. Dies wird als segmentale oder diskontinuierliche Entzündung bezeichnet.
Beim Morbus Crohn kann der gesamte Verdauungstrakt von der Mundhöhle bis zum Anus befallen sein. Bei den meisten Patienten entwickeln sich die Entzündungen jedoch in unteren Dünndarmabschnitten (terminales Ileum) oder im Dickdarm.
Häufige Symptome sind Durchfälle und Bauchschmerzen, die typischerweise nicht dauerhaft bestehen, sondern in Schüben auftreten. Zudem kann die Erkrankung auch außerhalb des Verdauungstrakts in Erscheinung treten und beispielsweise Hauterscheinungen, Gelenkschmerzen oder Lebererkrankungen verursachen.
Zur Therapie des M. Crohn werden verschiedene Medikamente eingesetzt, die hemmend auf das körpereigene Immunsystem wirken. Bei Komplikationen (z.B. Engstellen im Darm) können auch Operationen am Darm nötig sein.