Die Verdachtsdiagnose lässt sich anhand der typischen Symptome wie den Hautflecken und Taubheitsgefühlen stellen. Durch die körperliche Untersuchung kann die Diagnose meist bestätigt werden. Der Nachweis der Erreger erfolgt anhand ihrer spezifischen Nukleinsäuren aus befallenem Gewebe.
Es handelt sich dabei um sogenannte molekularbiologische Nachweisverfahren (zum Beispiel DNA-Nachweis von Mycobacterium leprae mittels PCR). Mit dieser Methode kann die Erkrankung bereits im Frühstadium diagnostiziert werden. Das Verfahren dient aber auch der Absicherung der Diagnose. Die Bakterien können auch mikroskopisch mit speziellen Färbungen sichtbargemacht werden.
Es gibt auch einen speziellen Antikörpersuchtest, der Lepromintest (Mitsuda-Reaktion) genannt wird. Dieser untersucht die Abwehrlage des Körpers. Mittels dieses Tests ist es möglich, zwischen der tuberkuloiden und der lepromatösen Lepra zu unterscheiden.