Die Ursache für eine Laktoseintoleranz besteht in einem Laktasemangel. Meistens kommt es bei Kindern oder Jugendlichen ohne erkennbare Ursache zu einer Abnahme der Aktivität des Enzyms. Man spricht dann von einem primären Laktasemangel. Dies ist eine sehr weit verbreitete Ursache der Laktoseintoleranz.
In Deutschland sind ca. zehn Prozent der Bevölkerung betroffen, in asiatischen Bevölkerungsgruppen sogar bis zu 95 Prozent. Tritt die Milchzuckerunverträglichkeit hingegen bereits beim Neugeborenen auf, besteht ein angeborener Laktasemangel.
Ursache ist ein sehr seltener, autosomal-rezessiv vererbbarer Stoffwechseldefekt. Der Enzymmangel kann aber auch als Folge verschiedener Erkrankungen des Dünndarms (z.B. Sprue oder M. Crohn) auftreten. Diese Form wird als sekundärer Laktasemangel bezeichnet.