Eine HIV-Infektion verläuft typischerweise in mehreren Stadien. Die eigentliche Infektion, auch akute HIV-Krankheit genannt, verursacht bei den meisten Patienten keinerlei Symptome und bleibt daher oftmals unbemerkt. Einige Infizierte entwickeln ca. 7-40 Tage nach der Ansteckung uncharakteristische Beschwerden, wie Abgeschlagenheit, Fieber, Schwellung der Lymphknoten am Hals oder in den Achselhöhlen, Gelenk- und Muskelschmerzen. Weitere Symptome der akuten Infektion sind Kopf- und Halsschmerzen, eine vorübergehende Schwellung der Milz (Splenomegalie) und ein Hautausschlag, der sich oft spontan wieder zurückbildet.
Dieser ersten Phase der Erkrankung folgt eine in der Regel Monate bis mehrere Jahre dauernde Latenzphase. In dieser Zeit fühlen sich HIV-positive Patienten völlig gesund, können das Virus jedoch auf Mitmenschen übertragen. Die Dauer dieses Erkrankungsstadiums hängt vom Allgemeinzustand der infizierten Person ab. Unterernährung und eine allgemeine Schwäche des Immunsystems verkürzen das symptomfreie Intervall. Auch bei einer Infektion im Kindesalter muss mit einem raschen Fortschreiten der Erkrankung gerechnet werden.
Kommt es zu einem starken Anstieg der Anzahl an Viren im Organismus, auch Viruslast genannt, oder einem Abfall der T-Helferzellen auf sehr niedrige Werte, entwickeln Patienten sogenannte AIDS-definierende Erkrankungen. Dazu gehören verschiedene Infektionskrankheiten, die beim Gesunden in der Regel nicht auftreten, beispielsweise eine Lungenentzündung durch den Pilz Pneumocystis jirovecii, mehrere Lungenentzündungen innerhalb eines Jahres oder Virusinfektionen mit Cytomegalie- (CMV) oder Herpesviren. Auch ein ungewollter Gewichtsverlust und chronische Durchfälle, Wasting-Syndrom genannt, können ein Indikator für eine AIDS-Erkrankung sein. Das Virus kann zudem das zentrale Nervensystem befallen und schädigen. Die Folgen sind Einschränkungen der Konzentration und Gedächtnisleistung bis hin zur Demenz, Ausfälle bei Bewegung und Koordination oder Depressionen. Zudem gibt es einige bösartige Erkrankungen, die vor allem in Zusammenhang mit AIDS auftreten. Beispiele sind das Kaposi-Sarkom, bestimmte Lymphome oder Gehirntumore. Diese Tumore treten in fortgeschrittenen Stadien der Infektion auf und gehören ebenfalls zu den AIDS-definierenden Erkrankungen.