Insbesondere bei jungen Patienten, die über häufige, blutig-schleimige Durchfälle mit Bauchschmerzen klagen, muss immer auch an die Möglichkeit einer chronisch entzündlichen Darmerkrankung gedacht werden.
Bei der körperlichen Untersuchung tastet der Arzt dann in der Regel unter anderem den Enddarm (das Rektum) aus. Oft wird dabei bereits sichtbar, dass sich eine Blutungsquelle im Dickdarm befindet.
Die wichtigste diagnostische Maßnahme zur weiteren Abklärung ist eine Darmspiegelung (Koloskopie). Dabei werden der gesamte Dickdarm und das Endstück des Dünndarms untersucht und zahlreiche Gewebeproben (Biopsien) entnommen. Diese Proben werden anschließend durch einen Pathologen einer feingeweblichen (histologischen) Untersuchung unter dem Mikroskop unterzogen. Nur so können die entzündlichen Veränderungen in der Darmschleimhaut beurteilt werden und die Diagnose einer colitis ulcerosa eindeutig gestellt werden. Im Kolonkontrasteinlauf, einer Röntgenuntersuchung des mit Kontrastmittel gefüllten Dickdarms, lassen sich Veränderungen der Darmwand sichtbar machen. Auch in der Ultraschalluntersuchung (Sonografie) sind bei der colitis ulcerosa oftmals Auffälligkeiten am Dickdarm feststellbar. Die Sonografie wird vornehmlich zur Verlaufskontrolle eingesetzt.
Mithilfe einer Blutuntersuchung können die momentane Aktivität der Entzündung sowie das Ausmaß der Blutverluste abgeschätzt werden. Im akuten Erkrankungsschub ist vielfach ein deutlicher Anstieg der Entzündungswerte (CRP, Leukozyten und Blutsenkungsgeschwindigkeit) zu beobachten. Bei einem Großteil der Patienten sind bestimmte Autoantikörper (p-ANCA) im Blut nachweisbar. Diese Untersuchung gehört allerdings nicht zur Routine-Diagnostik, wird also nicht bei jedem Patienten durchgeführt. Um eine Beteiligung der Gallengänge in der Leber auszuschließen, werden meist zusätzlich bestimmte Leberwerte (Gamma-GT und Alkalische Phosphatase) im Blut bestimmt. Eine Stuhluntersuchung auf bestimmte Krankheitserreger dient dem Ausschluss einer bakteriellen Entzündung des Dickdarms, die ähnliche Beschwerden wie die colitis ulcerosa hervorrufen kann.