Da sich die Borrelien nur langsam durch Teilung vermehren, können die Stadien über Jahre andauern. Ähnlich wie bei der Syphilis verläuft die Erkrankung in drei Stadien. Nicht alle Patienten durchlaufen alle Stadien. Bei der Borreliose hängt der Verlauf von einer rechtzeitigen Therapie ab.
In den meisten Fällen (ca. 89%) beschränkt sich die Borreliose auf das erste Stadium, in dem die typische Hautrötung im Bereich des Zeckenstiches (Erythema migrans) auftritt. Borrelien können verschiedene Organe des Körpers befallen.
Spätkomplikationen führen zu schweren, teilweise lebensbedrohlichen Schäden.